职能部门
财务部：负责做好本院财务预算的编报、执行和结算工作；负责办理财务日常收支，及时正确的进行会计核算；按时报送各种报表，完成纳税申报；不断制定和完善内部财务管理制度并监督落实；定期进行财务分析，为领导提供会计信息；财务部受副院长及办公室领导并完成其交代的其他工作。
会务部：负责组织广大医疗健康科技工作者开展学术交流，汇总、审核和协调研究院年度学术活动，组织、指导与管理全国性的学术活动及研究院各分支机构的组织建设与学术交流；负责院学术委员会、院长会、院党务会的有关筹备工作；组织院重点课题的申报和管理；拟定本院的科技教育发展规划和计划；会务部下辖三个专业会务科；会务部受副院长及办公室领导并完成其交代的其他工作。
培训部：负责国家级继续医学教育项目的组织和管理；组织和开展多种形式、多种规格、多种层次、多种渠道的办学活动；编制培训的发展规划，提出深化教育培训改革、发展本院教育培训事业的意见和建议；制订招生计划，组织好招生宣传工作并实施招生计划；制订教学与管理等方面的规章制度，并认真组织实施；审核各专业教学计划，督促检查教学计划的执行； 组织、指导办学单位开展各个环节的教学活动，检查、评估教学质量；优化结构，建立一支师德高尚、业务精良、相对稳定的专兼结合的教育培训的师资队伍；加强对外联系与交流，了解国内外教育培训的动态与信息，吸收培训教学改革与管理工作的经验、做法，推动本院教育培训工作的开展；做好精神文明建设工作；培训部分6个培训组，并负责不同的培训项目，培训部受副院长及办公室领导并完成其交代的其他工作。
法律维权部：负责研究医疗健康卫生法律；代表本院提出独立的立法建议供政府参考；有条件时积极参与国家各权力部门特别是卫生部的立法过程与司法解释的形成；完成政府交办的法律事务；负责本院相关法律文书合同的起草、审阅；负责本院各项专利及商标的申请，并且负责相关知识产权的维护并保证不被侵犯；受副院长领导并完成其交代的其他工作。
事业发展部：开展咨询、评估、论证和科技成果鉴定与认证服务；组织以推广成果为目的科技交流与技术培训为主的临床适宜技术推广服务；开展研究与协作服务、投资、融资信息服务，促进技术经济合作；为科技成果、产品、著作、名誉等知识的无形资产价值提供咨询、评估、开发、推广等服务；组织系列公益活动，普及科普知识和咨询服务；研究国家科技发展政策，制订本院科技咨询、开发管理政策和相关管理规定；组织、协调、指导分院（委员会）开展科技成果鉴定及咨询、论证、开发、推广服务；受副院长领导并完成其交代的其他工作。
新闻宣传中心：为本院内部举办的各类活动会议进行前期、后期宣传普及，并在举办活动时进行实时宣传；为各类活动会议提供更加专业化的策划、建议和服务；运用多种宣传手段，传达活动信息和理念；为社会各界第一时间传递本院发布的信息，并及时反馈他们的意见和建议；与其他部门共同开展内部建设活动，并对本院宣传工作进行监督；受副院长领导并完成其交代的其他工作。
研发中心：开展中医行业内传统中医疗法的研究、改进、以及运用；开展健康产业内保健食品、保健用品、保健器械的开发、研究与运用；开展传统中草药炮制、提炼萃取以及运用。研发中心分3个研发部，研发中心受研发副院长的领导并完成其交代的其他任务。
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